코쿼드 2.0 다운로드

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경로 간의 연결을 더 자세히 탐구하기 위해, 우리는 피셔의 정확한 테스트 (하이퍼 기하학적 분포 테스트)를 기반으로 경로 네트워크를 구축했습니다. 모든 경로에 nall 유전자가 있다고 가정, 통로 A에 있는 na 유전자, 통로 B에 있는 nb 유전자, 및 통로 A와 B 둘 다에 있는 nab 유전자; 이 테스트의 p-값은 계산됩니다: R 패키지 “affy”는 원시 마이크로어레이 데이터를 포함하는 검색된 CEL 파일을 분석하는 데 사용되었습니다. 우리는 각 프로브에 대한 PMA 정보 (현재 / 마진 / 결석)를 계산하고 유전자 발현 상태로 변환했습니다. P(현재) 상태를 가진 프로브는 이 프로브가 이 샘플에서 활성화되어 있으며 추가 분석을 위해 유지된다는 것을 의미합니다. 유전자에 대한 임의의 프로브가 활성 상태인 경우, 유전자는 활성으로 간주되었다. 활성 프로브가 없는 유전자는 비활성으로 간주되었다. 첫째, 우리는 1 차및 전이성 견본 사이 활성 유전자를 비교했습니다. 이들 중, 1481/4523 1차/전이성 암 활성 유전자는 모든 153/43 샘플에 기초하여 확인되었으며, 평균적으로 1163.4/3895.6 1차/전이성 암 활성 유전자는 무작위 균형 잡힌 43/43 샘플을 사용하여 발견되었다. 우리는 모든 견본을 사용하는 것과 비교하여 무작위 표본을 사용하여 78%/86% 활성 유전자를 장악하고, 활성 유전자의 대부분 (번호: 1131.1/3839.9, 비율: 97.41%/98.58%).

무작위 분석에서 모든 샘플을 사용하여 분석에서 찾을 수 있습니다. 자세한 결과는 보충 표 S2에 있습니다. . 전이성 암 그룹보다 1 차적인 암 단에 있는 대략 3.5 시간 더 많은 견본이 있었기 때문에, 우리는 단 불균형을 위한 견고성 분석을 실행했습니다. 우리는 1 차적인 암 단에서 43개의 견본을 무작위로 선택하고 43의 전이성 암 견본을 가진 통로 분석을 실행했습니다. 이 절차는 10회 반복되었다. 두 번째 한쪽 꼬리 피셔의 정확한 테스트에 대한 가설은 개방형 사무실, 협업 영역 및 모듈식 워크스테이션을 위한 유틸리티 플레이어입니다. 다수의 유방암 전이 경로가 확인되었지만 [37,38], 그들의 규제 메커니즘과 원발성 종양과 전이성 종양 사이의 차이는 기술되지 않았다. 변경된 규제 기계장치를 이해하는 것은 전이성 유방암을 이해하고 결국 취급에 있는 저희를 도울 수 있습니다. 다음은 https://www.mdpi.com/2073-4425/10/10/753/s1 온라인으로 확인할 수 있습니다. 도 S1: 상이한 원시 및 소모된 경로에서의 유전자 수, 도 S2: 1차 암 상태의 16개의 중요한 분별-활성 경로 중의 경로 연결(1단계 1차 암 에서의 1차 암 상태 는 KEGG 경로 확대), 보충도 S3: 전이성 암 상태(전이성 암 상태)에서 24개의 유의한 분별-활성 경로 중 통로 연결(전이성 암 상태)은 1단계 확대암 상태이다.

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